在土元养殖过程中，防治病虫害是一项重要的工作。
　　土元经常发生的病害主要有腹胀病和绿霉病。腹胀病，又名大肚病，易发于高温潮湿季节。防治时，饲养土湿度应不超过10%，少喂青绿和多汁饲料，饲养室要经常通风换气。对发生严重的饲养池应在每千克饲料中加入2克酵母(或食母生片)和1克复合维生素B片，每天投喂1次，连喂3天。绿霉病，易发于梅雨季节，防治的办法是投喂的饲料要少些，尽量做到少喂勤喂。饲养虫口密度不能过高，对吃后剩余饲料要及时清除。发现病虫及时拣出，并对虫体用0.5%福尔马林喷洒灭菌，在饲料中用0.25克氯霉素或金霉素拌入0.5斤麦中喂土元，连喂2～3次直到痊愈为止。
　　蚂蚁、蜘蛛、粉螨对土元的危害也较大。对蚂蚁的防治以预防为主、药防为辅。在饲料室外墙四周，撒一些生石灰，或挖一周深15～20厘米，宽10～15厘米的水沟，沟内放满水，使室外蚂蚁不能进入室内；也可用灭蚁灵歼灭。若发现池内蚂蚁数量特别多，应将土元筛出，更换新土。对有蜘蛛的饲养室可通过人工打扫清除；或用40%三氯杀螨醇800～1000倍液在室内喷洒，喷洒应在白天进行。
　　对粉螨应采取以下措施防治：(1)对麦麸、玉米粉等饲料要烫或炒熟再喂；(2)把纱布平放在池面上，上放入炒香的豆饼，厚约1～2厘米，粉螨嗅到香味，穿过纱布取食，1～2天取出，可反复诱杀；(3)在白天用40%三氯杀螨醇1000～1500倍液喷洒池面7～10天喷一次，连喷2～3次。
　　危害土元的天敌还有老鼠、蟾蜍、鸡鸭等。老鼠、蟾蜍可通过人工捕捉，平时要注意盖好池、关好门以防鸡鸭进入偷食土元。